Les choses vont mal pour le Marsupilami. Un chasseur a en effet réussi à enlever la femme de celui-ci. Notre héros part donc à sa recherche. Sa compagne n'est cependant pas la seule à avoir disparu: en effet Mars le noir a aussi été kidnappé. Noé, son ami, décide de partir lui aussi pour le retrouver. Dans leur quête, ils seront aidés par deux jeunes gens qui vivent dans la forêt. Leur périple va alors les conduire dans une ancienne base qui aurait appartenu à Henri Ford dans les années 20. Mais pourquoi, un homme veut-il réunir tant d'animaux à cet endroit et pourquoi?