Dans la campagne anglaise, Shaun, un mouton malicieux, en a plus qu'assez de la vie routinière qu'il mène à la ferme. Il élabore un plan minutieux pour bénéficier d'une journée de répit, mais les événements ne s'enchaînent pas comme il l'avait prévu. Le fermier se retrouve bien malgré lui en ville, totalement amnésique. Shaun et les autres animaux tentent de lui faire retrouver la mémoire tout en évitant les nombreux dangers de la ville. Ils doivent notamment se méfier d'un agent de la fourrière bien décidé à les capturer.